B-Seq

Diagnostica molecolare delle infezioni batteriche e delle antibiotico-resistenze nella sepsi sospetta o accertata mediante metodiche avanzate di sequenziamento.

Il progetto mirava a migliorare gli approcci ospedalieri per la diagnosi della sepsi, effettuando l’identificazione dei ceppi microbici causanti l’infezione e le resistenze antimicrobiche da essi veicolate direttamente dal sangue, senza la necessità di emocolture e test per le resistenze antibiotiche.

Nonostante la gravità di tale patologia, la gestione del paziente settico è ancora troppo lenta e laboriosa. Basarsi sull’emocoltura porta a un decisivo ritardo nella somministrazione della terapia appropriata oltre ai possibili falsi negativi in caso di prelievo ematico scarso o di recente somministrazione di un antibiotico, in questi casi risalire alla fonte dell’infezione
risulta ancora più complesso.

Nel progetto è stato studiato un kit diagnostico basato su tecnologie di sequenziamento Next Generation Sequencing sulla piattaforma Oxford Nanopore per effettuare l’identificazione microbica e delle resistenze in un unico test, riducendo i tempi d’analisi da almeno 1/2 giorni a qualche ora.

Per ottenere questa drastica riduzione delle tempistiche i ricercatori hanno ottimizzato le procedure per l’estrazione dell’acido nucleico batterico dal sangue del paziente, per l’eliminazione  del DNA dell’ospite, per la preparazione delle librerie e per l’analisi dei dati, con l’impiego di una pipeline bioinformatica che analizza i dati prodotti dal sequenziatore in tempo reale.

Nel corso del progetto l’analisi si è diretta verso un approccio metagenomico, il sequenziamento non sarà quindi diretto verso un limitato pannello di microrganismi e geni di resistenza ma consentirà di identificare anche i patogeni che più raramente causano questa condizione patologica. Il saggio sviluppato potrà essere utilizzato nei casi critici, in cui le condizioni del  paziente non consentono di attendere il tempo necessario per l’analisi colturale per la somministrazione della terapia adeguata, per affiancare l’emocoltura e per fornire indicazioni ai clinici in caso di mancata crescita microbica.

Costo: € 239.988,00
Finanziamento: € 95.995,00

Sito web: https://www.biofieldinnovation.it/it/ricerca-e-sviluppo/b-seq/

Organismi di ricerca:

• IRCCS “Sacro Cuore – Don Calabria” Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico Ospedale Classificato e Presidio Ospedaliero Accreditato – Regione Veneto – Dipartimento Malattie Infettive –Tropicali e Microbiologia
• Università degli Studi di Trieste – Dipartimento Universitario Clinico di Scienze Mediche Chirurgiche e della Salute,
• Università degli Studi di  Bologna – Dipartimento di Medicina Specialistica, Diagnostica e Sperimentale
• Università Cattolica del Sacro Cuore – Dipartimento di Scienze Biotecnologiche di Base.

Imprese: Micro, piccole e medie (PMI)